学校原名“中央教育科学研究所南山附属学校”是中央教育科学研究所和南山区教育局于2002年7月联合创办的一所九年一贯制公办学校，坐落于华侨城香山街二号，占地面积34000平方米，建筑面积23200平方米。学校教学设施功能齐全，配有液晶投影仪和实物展示平台的标准化教室、多功能演播室、标准化实验室,有标准的300米环形塑胶跑道运动场、700多平方米室内体育馆、容纳400多人的学术报告厅。共有42个教学班，1700名学生（其中小学932人，中学768人）。

南山区第二实验学校（原中央教科所南山附属学校）坐落于风景秀丽的高尚社区华侨城内。现有48个教学班，2085名学生，学校贯彻“优教厚德、乐学博雅，多元育人、立根树魂”的办学理念，立足“具有国际视野、家国情怀、睿智笃行、活泼优雅的现代小公民”的培养目标，倡导“教育求真、做人向善、生活简美”的学校文化，致力于教育的改革创新，办“学校文化高雅、校园书香弥漫、学校管理科学、资源共建共享、公民教育厚实、课程设置多元、学科文化彰显、德艺科技并举、教育教学优质、师生成长幸福”的学校,将学校打造成师生教与学的乐园,共同成长的田园,幸福生活的家园。